陈旗教授的主要研究方向在于经济学、金融学和会计学之间的交叉领域，侧重于信息和激励机制在金融市场和企业内部所发挥的作用，包括信息对企业投资决策的影响，激励机制对会计制度、企业管理和证券分析师行为所发挥的作用。他的最新研究考察了银行合并对公司信息公开行为产生的影响，以及中国的股权分置改革和中国银行业发展对中国公司的财务政策和业绩的影响。他的研究已发表在各大财务和会计期刊上，包括Journal
of Finance，Journal of Financial Economics, Review of Financial
Studies, Journal of Accounting Research和Journal of Accounting and
Economics。他目前主讲财务报表分析课和分析会计博士研讨课。